Pekeren kan brukes til å velge (kopiere), og gjøre utvidet utvalg av tekst, lime inn tekst fra andre terminaler eller applikasjoner, og til å hente opp en meny.
Venstre musknapp kan brukes til å begynne et utvalg. Hvis musknappen klikkes en gang, for så å dra, så blir tegnene valgt individuelt. Hvis du drar utenfor de vertikale kantene av vinduet, vil terminalen rulle for å holde følge.
Hvis venstre musknapp dobbeltklikkes vil utvalget bli gjort etter ord-tegn. Hold musknappen nede ved det andre klikket og dra for å utvide utvalget. Ord-tegnene er definert i brukervalg dialogen under alternativet ordklasse.
Til slutt, hvis venstre musknap trippelklikkes og holdes, vil hele linjer merkes når du drar musen opp og ned.
Den midterste musknappen kan brukes til å utvide utvalget. Bare rull til det stedet du ønsker å utvide utvalget til, og klikk høyre musknapp. Igjen vil enkelt, dobbelt og trippelklikk og dra resultere i tegn, ord, eller linjeutvalg.
For alle tilfeller vil slipp av musknappen automatisk medføre kopiering av tekst til utklippstavlen, og kan også medføre kopiering av tekst til andre applikasjoner. Merk at enhver utskrift på skjermen vil nullstille det viste utvalget, men det vil ikke medføre tap av innholdet på utklippstavlen.
Hvis den midterste musknappen er nedtrykt, vil det aktive utvalget limes inn i vinduet. Dette kan brukes til å overføre tekst fra andre applikasjoner.
Hvis du bare har en 2-knappers mus, vil X-tjeneren din sannsynligvis ha en måte å emulere den midterste musknappen. Se i dokumentasjonen for X-tjeneren for mer informasjon.
Hvis du har en mus med hjul (som sender hendelser for musknapp 4 og 5), så kan du bruke hjulet til å rulle opp og ned i tilbake- rullingsbufferen.
Pekeren kan også brukes for å hente opp en kontrollmeny, som kan brukes til å nullstille terminalen, eller å hente tilbake hovedmenylinjen hvis den er skjult.
Ved å holde nede CTRL tasten, kan høyre musknapp brukes til å vise denne menyen.
GNOME terminal kan brukes til å velge URLer (Uniform Resource Locators; vanligvis internettadresser, slik som http://www.gnome.org) fra tekstvisningen, ved å plassere musen over URL-teksten. URLen vil merkes, hvilket vises ved å understreke den, og muspekeren vil endres til en pekende hånd.
Hvis du åpner kontrollmenyen med pekeren over en URL, vil du få et valg for å laste denne URLen i en nettleser.
Venstre musknapp mens CTRL-tasten holdes nede er en snarvei for å laste URLen med én gang.
Dra-og-slipp kan brukes til en rekke operasjoner i innenfor terminalen.
Hvis filer dras inn i terminalen vil filnavnet til filen limes inn i vinduet. URL'er kan også slippes inn på denne måten.
En farge kan dras fra en annen GNOME applikasjon, eller fra fargevelgeren inn på skjermen. Hvis de slippes på et tegn, settes forgrunnsfargen, ellers settes bakgrunnsfargen. Se i fargekonfigurasjon seksjonen.